В случае перехода на упрощенную систему налогообложения налогоплательщик теряет статус плательщика налога на добавленную стоимость. Следовательно, и приобретенные им товары (работы, услуги, основные средства, нематериальные активы, имущественные права) с этого момента не будут использоваться в операциях, облагаемых налогом на добавленную стоимость. Это означает, что «входной» НДС по таким товарам (работам, услугам), ранее принятый к вычету, подлежит восстановлению по остаточной стоимости основных средств, нематериальных активов и остаткам материалов и товаров на складе на момент перехода на упрощенную систему налогообложения.

При переходе налогоплательщика на специальные налоговые режимы в соответствии с главами 26.2 и 26.3 Налогового Кодекса Российской Федерации суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, и имущественным правам подлежат восстановлению в налоговом периоде, предшествующем переходу на указанные режимы. Такой порядок регламентирован п.п. 2 п. 3 ст. 170 Налогового Кодекса Российской Федерации.

Суммы налога, подлежащие восстановлению, не включаются в стоимость указанных товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, имущественных прав, а учитываются в составе прочих расходов в соответствии со ст. 264 Налогового Кодекса Российской Федерации.